El quehacer del Centro incluye el Observatorio de Libertad Religiosa de América Latina y El Caribe, que consiste en el monitoreo permanente de la situación de la libertad religiosa en la región. Recaba la actualidad jurídica (leyes, proyectos de ley, decretos, sentencias, etc.), noticiosa e institucional sobre libertad religiosa y relaciones Estado y organizaciones religiosas de toda la región.
Como medio de difusión y vinculación con el medio, el Observatorio cuenta con el Boletín Jurídico que es una publicación mensual de difusión de la actualidad jurídica relacionada con la libertad religiosa y organizaciones religiosas en Latinoamérica y El Caribe. Se distribuye mensualmente por vía digital, en forma gratuita, a más 2100 suscriptores, en Chile y en el extranjero, correspondiendo a un 40% de académicos.
Por otro lado, es importante generar una masa crítica en la academia, que contribuya a generar doctrina especializada, de carácter científico, que sea un insumo para el trabajo de jueces y legisladores. Para ello el Centro cuenta con la Revista Latinoamericana de Derecho y Religión, que tiene por objeto erigirse como una instancia periódica para el conocimiento e intercambio intelectual sobre la especialidad jurídica del derecho y religión; es una publicación científica, totalmente digital, tanto en su publicación como en su sistema de gestión (recepción de artículos, arbitraje, comunicación con lectores y autores, etc.), de acceso libre y gratuito, con doble arbitraje ciego, y de periodicidad bi-anual.
La investigación en el Centro responde a la mirada de la libertad religiosa desde una doble dimensión: la promoción del derecho fundamental a la libertad religiosa que corresponde al Estado y, una dimensión de prevención que corresponde a las entidades religiosas.
Son de interés del Centro asuntos tales como: asistencia espiritual en recintos especiales, como FFAA, hospitales y cárceles; religión y educación; enseñanza de la religión en las escuelas públicas; admisión de estudiantes en base a proyectos educativos; objeción de conciencia; religión y derecho del trabajo; patrimonio cultural religioso; reconocimiento de símbolos religiosos; la autonomía y la auto organización interna de las iglesias y de las organizaciones sociales de orientación religiosa (escuelas, hospitales, etc); estatuto jurídico de las comunidades religiosas; estatuto jurídico de los ministros de culto; reconocimiento de los actos de culto; financiamiento de las confesiones religiosas; estudio y análisis crítico del Derecho Eclesiástico (normas jurídicas emanadas del Estado que se refieren al fenómeno religioso); acuerdos entre Estado y confesiones religiosas; entre otros.